分类: PAML, 分子进化

「PAML」分子进化程序包PAML使用入门2-LRT检验

原文发布日期:20121022

上回详细介绍了PAML程序包中用Codeml程序计算选择位点的操作:分子进化程序包PAML使用入门——codeml

最后提到计算选择位点以后还需要利用LRT来看看结果是否可靠。利用Codeml计算得到的选择位点一定要经过这一步才算数,发表的文献中也都是会提到这一步的。

先简单介绍下LRT是啥,全称是Likelihood ratio testes,在这里就是通过卡方分布(chi-squate),通过比较利用不同参数得到的值,看看结果是否在统计上显著。我们先抛开统计方面的疑问,直接看看具体拿PAML程序包怎么实现。

上回讲到了用codeml计算选择位点的时候,同时选择M7和M8模型,这两个模型的差异进近在于M8(beta & ω)模型比M7 (beta)多了一个参数,所以可以依靠比较这两个模型来进行LRT。

公式是这个:LRT = 2dl = abs(2 X (l1-l0)) (abs=绝对值)

Step1:

打开之前用codeml生成的mcl文件,找到Model7, 和Model8

两个lnL值想减,取绝对值,乘以2

这里是:2|-10302.87869-(-10332.64273)|=59.52 (小数点后影响不大)

Step2:

打开PAML程序包中的Chi2程序, 分别输入自由度和刚才得到的数,自由度直接取2就好(这个是杨子恒自己说的,在PAML的文档里有写),后面写上Step1算出来的数字,得到的p小于0.05则结果比较可靠,这里的p非常小了。。